新疆师范高等专科学校院系设置如下：
教育科学分院
人文科学分院
理学分院
音乐分院
美术分院
数学与信息技术分院
外国语教育分院
双语学院
思想政治理论课教学研究部
职业教育分院
体育分院
成人与业余教育分院
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